Qhov sib txawv tseem ceeb ntawm BLAST thiab FastA yog tias BLAST yog cov cuab yeej sib dhos yooj yim muaj nyob ntawm National Center for Biotechnology Information lub vev xaib thaum FastA yog cov cuab yeej tshawb nrhiav zoo sib xws muaj nyob ntawm European Bioinformatics Institute lub vev xaib.
BLAST thiab FastA yog ob lub software uas tau siv dav los sib piv cov kab ke lom neeg ntawm DNA, amino acids, proteins, thiab nucleotides ntawm ntau hom thiab nrhiav lawv qhov sib xws. Cov algorithms no tau sau kom ceev ceev hauv siab. Vim tias, thaum cov kws tshawb fawb muaj peev xwm cais DNA hauv chav kuaj hauv nruab nrab-1980s, nws tau tsa ib qho kev xav tau los sib piv thiab nrhiav cov noob zoo tib yam rau kev tshawb fawb ntxiv ntawm kev kub ceev. Li no, ob lub softwares no tau tsim nyob rau hauv txoj hauv kev uas cov neeg siv tuaj yeem tshawb nrhiav sai ntawm cov kab ke zoo sib xws nrog lawv cov lus nug ib ntus.
BLAST yog cov lus luv rau Basic Local Alignment Search Tool thiab siv txoj hauv kev hauv zos hauv kev sib piv ob ntu. FastA yog software xa mus rau Fast A qhov twg A sawv rau Txhua tus. Ntawm no, cov software ua haujlwm nrog cov tsiaj ntawv zoo li Fast A rau DNA sequencing thiab Fast P rau cov protein. Ob lub BLAST thiab FastA yog qhov nrawm heev hauv kev sib piv cov ntaub ntawv genome thiab yog li ntawd, siv tau zoo heev thiab txuag lub sijhawm.
BLAST yog dab tsi?
BLAST yog ib qho ntawm cov software siv bioinformatics uas tau tsim nyob rau xyoo 1990. Txij thaum ntawd los, nws muaj rau txhua tus neeg ntawm NCBI qhov chaw. Tsis tas li ntawd, txhua tus neeg tuaj yeem nkag mus rau qhov software no thiab siv nws. Ntxiv mus, BLAST yog ib qho software uas xav tau cov ntaub ntawv nkag lossis cov kab ke hauv FastA hom. Tab sis, nws muab cov ntaub ntawv tso tawm hauv cov ntawv dawb, HTML, lossis XML hom. BLAST ua haujlwm ntawm lub hauv paus ntsiab lus ntawm kev tshawb nrhiav qhov sib xws hauv ib cheeb tsam ntawm ob ntu thiab cov npe luv luv ntawm cov kab ke sib xws, thiab tom qab ntawd, nws tshawb nrhiav qhov sib xws hauv zej zog.
Daim duab 01: BLAST Results
Yog li, qhov software no tshawb nrhiav ntau thaj chaw zoo sib xws thiab muab cov txiaj ntsig ntawm kev ncav cuag tus nqi pib. Txawm li cas los xij, cov txheej txheem no txawv ntawm cov software dhau los, uas tshawb xyuas tag nrho cov kab ke ua ntej thiab tom qab ntawd ua qhov kev sib piv, thiab yog li, siv sijhawm ntau.
Apart from qhov kev soj ntsuam zoo sib xws saum toj no, BLAST muaj ntau lwm yam kev siv xws li DNA daim ntawv qhia, piv ob hom noob zoo tib yam hauv ntau hom, tsim ib tsob ntoo phylogenetic, thiab lwm yam.
FastA yog dab tsi?
FastA yog ib qho kev sib txuas ntawm cov protein ntau. David J. Lipman thiab William R. Pearson tau piav qhia txog cov software no hauv 1985. Txawm hais tias qhov kev siv thawj zaug ntawm cov software no yog los piv cov protein ib ntus nkaus xwb, qhov hloov pauv ntawm nws muaj peev xwm los sib piv DNA sequences thiab. Ntawm no, cov software no siv lub hauv paus ntsiab lus ntawm kev nrhiav qhov zoo sib xws ntawm ob qhov kev txheeb cais. Nws phim ib ntu ntawm DNA lossis cov protein nrog lwm qhov sib lawv liag los ntawm cov txheej txheem hauv zos ua ntu zus.
Daim duab 02: FastA
Txawm li cas los xij, nws tshawb nrhiav cov cheeb tsam hauv zos kom zoo sib xws, tab sis tsis yog qhov sib tw zoo tshaj plaws ntawm ob ntu. Txij li thaum cov software no sib piv qhov sib xws hauv zos nyob rau lub sijhawm, nws tuaj yeem tuaj nrog tsis sib haum thiab. Nyob rau hauv ib theem zuj zus, FastA siv ib feem me me hu ua k-tuples, qhov twg cov tuples tuaj yeem yog los ntawm 1 txog 6 thiab sib tw nrog k-tuples ntawm lwm qhov sib lawv liag. Thaum kawg ntawm txoj kev sib txuam, thaum nws ncav cuag tus nqi pib, nws ua rau qhov tshwm sim.
Dab tsi yog qhov zoo sib xws ntawm BLAST thiab FastA?
- BLAST thiab FastA yog cov cuab yeej bioinformatics siv los sib piv cov protein thiab DNA cov kab ke kom zoo sib xws.
- Tsis tas li, ob qho kev pabcuam siv lub tswv yim muab qhab nia los ua kev sib piv ntawm cov kab ke.
- Tsis tas li ntawd, ob lub cuab yeej ua tau zoo heev.
Qhov txawv ntawm BLAST thiab FastA yog dab tsi?
BLAST yog ib qho cuab yeej los xyuas qhov zoo sib xws ntawm cov kab mob lom. Ntawm qhov tod tes, FastA yog lwm qhov kev pabcuam uas pab txhawb qhov kev kuaj xyuas cov protein thiab DNA ib ntus. Txawm li cas los xij, piv rau FastA, BLAST software yog nrov heev vim nws ua tau zoo dua thiab nrawm dua. Li no, qhov no yog qhov txawv ntawm BLAST thiab FastA. Tsis tas li ntawd, tsis zoo li FastA, BLAST qhov kev pab cuam yog hloov kho raws li qhov xav tau ntawm tus neeg siv. Yog li, qhov no yog lwm qhov sib txawv ntawm BLAST thiab FastA.
Cov duab hauv qab no ntawm qhov sib txawv ntawm BLAST thiab FastA muab cov ntsiab lus ntxiv.
Summary – BLAST vs FastA
BLAST thiab FastA yog ob txoj haujlwm uas tso cai rau tus neeg siv los sib piv nws cov lus nug ib ntus nrog cov kab ke hauv cov ntaub ntawv uas twb muaj lawm thiab tshawb xyuas qhov zoo sib xws. Lub hom phiaj pib ntawm FastA yog los sib piv cov protein ntau. Tab sis, qhov hloov kho version ntawm cov software no txhawb nqa cov protein thiab DNA sib piv sib piv. Txawm hais tias FastA yog software zoo, feem ntau cov neeg siv BLAST alignment tool vim nws nrov dua thiab ua kom raug thiab nrawm dua li FastA. Tsis tas li ntawd, BLAST cuab yeej hloov kho raws li tus neeg siv yuav tsum tau ua. Hauv luv luv, qhov no qhia txog qhov sib txawv ntawm BLAST thiab FastA.
